起床時口臭は、誰にでも存在する生理的な口臭と呼ばれるもので、睡眠中は唾液分泌が抑制されるために、口腔生理機能も休眠状態になっています。
したがって、口腔内に歯科的問題がなかったとしても、莫大な数の正常な口腔内常在細菌叢が存在し、その中には嫌気性菌群も多数存在するので、唾液が不足する睡眠中は細菌も増殖を続け、起床直後は一日のうちで最も細菌数が増えます。

就寝前に歯磨きをしなかったりすると、口腔内には色々なたんぱく質が存在するので、起床直後はこれらの菌が活動した結果、口臭が発現します。また、就寝前に歯磨き習慣のある人でも、舌磨き習慣を持つ人は唾液自体に剥離した粘膜細胞が大量に含まれるためにこれらのたんぱく質が分解を受け起床時口臭はきつくなります。
更に少しでも歯周的問題や一般歯科的問題がある場合は、これらの悪性の菌も増殖を繰り返すために最悪な口臭になってしまいます。

対策としては、歯科的問題を全て解決しておくことと、就寝前の歯磨きは必須になります。また、習慣的舌磨きをやめ唾液の状態も良くしておく事も重要でしょう。

一旦起きた後は、精神的緊張がない場合や、よくおしゃべりしたり笑ったりする人は、洗浄作用と殺菌作用と、恒常性維持機能に富む安静時唾液流が充分確保されるので、唾液中には豊富な溶存酸素が確保され、嫌なにおいを起こす嫌気性菌群の働きが抑制され、殺菌され洗口されるので、よほどの歯科的問題を抱えない限り口臭はなくなります。 飲んだり食べたりする時は自動的に唾液が確保されることと、口呼吸ができないので口臭は完全になくなりますが、その後において唾液が欠乏しかつ、食物残渣があるときは口臭が発現していきます。

朝はしっかりと朝食を取り空腹時口臭を防ぎ、口腔内機能を起動させてしまうことです。よく、朝はオレンジジュースだけを飲むという人がいますが、すきっ腹に何も食べずに酸性の糖分を豊富に含むジュースを取ると、口臭が起こりやすくなります。
まずは、歯医者に行って問題のないことを確認したら、定期的歯周コントロールを歯医者で受けつつ、この口臭関連情報を しっかり読んでください。
ほとんどのことを網羅しています。